Методика профилирования экспрессии микробных генов быстро заняла лидирующие позиции в этой области микробиологии и вытесняет простое секвенирование генома: оценка транскрипции с помощью микрочипов кДНК дает динамическую картину поведения микробов или тканей хозяина "в реальной жизни", то есть во время инфекционного процесса.
Профилирование экспрессии генов позволяет наблюдать "жизнь в городе" в самых разнообразных условиях. Технические проблемы нестабильной мРНК были в значительной степени решены, и огромное количество данных в различные моменты времени может быть проанализировано биоинфором.
Таким образом, бактериальные мишени, необходимые для выживания, могут быть идентифицированы, что позволяет проводить скрининг новых соединений, активных на высоко консервативных мишенях у различных видов - условие, необходимое для антимикробных препаратов широкого спектра действия, - или наоборот, поражать конкретные мишени - условие, необходимое для селективной терапии.
Инструменты биоинформатики и высокая пропускная способность скрининга являются незаменимыми технологиями для освоения этих новых стратегий. Такой анализ экспрессии генома поможет в поиске новых антибиотиков и заменит обычный, общепринятый и проверенный временем подход скрининга антимикробных препаратов на целые клетки.
Хотя эта методология исторически успешна и воспроизводима, она довольно нечувствительна и имеет ограниченные возможности для обнаружения природных соединений с узкими мишенями: клеточной стенкой, синтезом белка и репликацией ДНК. Новый подход, основанный на экспрессии генома, очень чувствительный и эффективный, обнаруживает новые потенциальные места воздействия и способствует рациональному применению лекарств.